2007年的《死亡笔记特别篇 幻影之神》对原作进行了诸多改动和删减。首先，留克的死神在追加的场景中出现了月亮的角色。伊出这一角色则未出现在本集中。此外，原本因心脏病发作而删除的情节被重新编排：夜神总一郎的心脏病发作场面并未出现，取而代之的是他在第二次基拉事件时看电视的画面从医院病房移到了街头。值得注意的是，月与L的首次见面地点也有所调整，改为了放映室。此外，当松田误入松柏集团会议室时，他所做弥撒的地点也被改为搜查本部的房间。在雷姆消失这一关键场景中，描写第三本笔记本的情节被全部省略，同时与《光环2》相关的内容也进行了连接。L墓前，新增了日本搜查本部成员宣誓的仪式场面。原本部分干部的具体死因，统一修改为心脏麻痹，但为了增加真实性，此次则改为个别不同原因导致的死亡：三堂从建筑物坠落身亡；纸村伫立在车站铁轨上被电车轧死；而奈南川则是遭遇了交通事故。这些改动不仅丰富了故事背景，也为观众提供了不同的视角来理解这一经典作品。
