自那之后已经过去了五年。在Amazon几乎被驱除、世界趋于和平的同时，政府成立了一个名为4C的新组织，专门负责秘密驱逐那些因Amazon细胞感染而Amazon化的人类。在这个背景下，曾被Amazon抚养的少年千翼获得了变身成假面骑士AmazonNeo的能力，并与这些Amazon展开了斗争。然而，千翼面前出现了一个意想不到的局面：他遇到了一位名为优的少女，她已进化为Sigma型Amazon并以乌鸦Amazon的身份作为生物兵器战斗。令人惊讶的是，在面对优时，千翼竟然没有产生那种原始的、驱使他吃人的冲动，反而被她吸引住了。这不仅改变了千翼对Amazon的理解，也为他的战斗带来了新的意义。而优的真实身份更是一波三折：她是被自己父亲Amazon化后杀害的母亲复活的，这使她的出现更具复杂的情感背景和动机。随着剧情的发展，千翼和优之间的关系逐渐升温，他们不仅要面对外在的敌人，还要解开彼此身世之谜，并最终共同揭开隐藏在这场危机背后的真相。
